На большей части платформы фундамент сложен кристаллическими породами архейского и ранне-протерозойского возраста. Как правило, он перекрыт осадочным чехлом, но в ряде мест (Кольский полуостров, Украина) выходит на дневную поверхность, и здесь породы, слагающие его, наиболее хорошо изучены. В качестве эталонного разреза фундамента Восточно-Европейской платформы обычно рассматривают разрез древних толщ, обнажающихся в районах Карелии и Кольского полуострова (Балтийский щит). Выделяются следующие комплексы пород, отличающиеся друг от друга вещественным составом, степенью метаморфизма и возрастом:
кольский, представленный полевошпатовыми гнейсами - продуктом глубокого метаморфизма осадочных и магматических пород; отложения сильно дислоцированы, смяты в складки и разбиты трещинами; возраст 3-3,5 млрд. лет;
беломорский (саамский), сложенный гнейсами, амфиболитами, мраморами, также сильно дислоцированными и прорванными интрузиями красных гранитов; возраст 3-2,6 млрд. лет;
нижнекарельский, состоящий из конгломератов, кварцитов, доломитов с прослоями вулканических пород; степень метаморфизма и дислоцированности отложений значительно меньше, чем у пород более древних комплексов; возраст 2,6-2,0 млрд. лет.
С размывом и резкими несогласиями на отложениях нижнекарельского комплекса залегают породы верхнекарельского комплекса, которые представлены конгломератами, песчаниками, глинистыми сланцами, продуктами вулканической деятельности (бесовецкая и вепская серии). Еще выше по разрезу выделяются осадки иотнийской серии, которые так же, как и породы верхнекарельского комплекса, относятся уже к осадочному чехлу платформы.
В других районах Восточно-Европейской платформы разрез фундамента практически аналогичен описанному, только названия комплексов могут быть иными. В целом же для фундамента характерна сильная дислоцированность отложений, смятость в крутые и опрокинутые складки. Вверх по разрезу по мере перехода от древних серий к молодым степень метаморфизма и дислоцированности убывает.
Изучая геологическое строение фундамента Восточно-Европейской платформы, ученые пришли к выводу, что он представляет собой сложно построенное геосинклинальное основание, состоящее из ряда крупных угловатых блоков различного возраста консолидации, отделенных друг от друга глубинными разломами. К наиболее древним относятся блоки архейского возраста, сложенные преимущественно породами беломорского комплекса. Древние блоки обнажаются в районах Карелии и Украины, а по характерным мозаичным гравитационному и магнитному полям выделены в закрытых районах Мезени, Волго-Урала, Подолии. В ряде мест существование полигональных архейских блоков подтверждено данными бурения. В пространстве блоки ориентированы в двух направлениях: северо-западном (Беломорская зона) и северо-восточном (Волго-Уральская зона). Для них характерны угловатые очертания в виде треугольников и трапеций.
В структуре архейских блоков особое место занимают загадочные овальные образования, получившие названия нуклеарных ядер или гранитно-гнейсовых куполов. Сложены они гранитными и гнейсовыми породами и достигают десятков и даже сотен километров в поперечнике. Впервые существование гранитно-гнейсовых куполов отметил А. Мак-Грегор еще в 1951 г., изучая геологию древних толщ Южной Родезии. Они распределены в пространстве не равномерно, а отдельными семействами. А. Мак-Грегор назвал такие ассоциации куполов "стадами". Ученый считал, что возникли они на одной из ранних стадий развития нашей планеты (нуклеарная стадия). В результате слияния воедино многочисленных гранитно-гнейсовых куполов произошло образование гранитного слоя земной коры.
Купола Восточно-Европейской платформы характеризуются мозаичным магнитным полем, состоящим из неправильных по своим очертаниям (изометричных) положительных и отрицательных аномалий невысокой интенсивности. Примером таких образований могут являться массивы архейских гнейсов в районе Белого моря, Среднего Приднепровья. Возраст пород, слагающих нуклеарные ядра, 2,6-3,6 млрд. лет. На основании минеральных ассоциаций в гранитах и гнейсах архея некоторые исследователи, в частности П. Н. Кропоткин, Б. М. Валяев, Р. А. Гафаров и другие, пришли к выводу, что нуклеарные ядра "... демонстрируют нам эрозионный срез нижней половины "гранитного" слоя земной коры".
Пространство между архейскими блоками фундамента заполнено отложениями нижнепротерозойских складчатых систем (карельские комплексы).
Предполагают, что на северо-восточной, окраине платформы расположен самый молодой Тимано-Печорский блок. Завершение геосинклинального режима развития в его пределах произошло в конце протерозойской эры. По мнению ряда исследователей (В. С. Журавлев, 1972 г.), на юго-востоке платформы (районы Прикаспия) возраст фундамента также относительно молодой, т. е. позднепротерозойский. Однако в последние годы появились новые данные, заставляющие усомниться в существовании молодых блоков в структуре фундамента платформы. Некоторые ученые высказывают мысль о том, что и здесь фундамент сложен древними (архейскими и нижнепротерозойскими) комплексами, переработанными впоследствии более молодыми тектоническими движениями.
Таким образом, фундамент Восточно-Европейской платформы представляет собой гигантскую мозаику разновозрастных полигональных блоков (геоблоков), разграниченных глубинными разломами. Геологическое строение самих блоков опять-таки можно изучать в пределах обнаженных районов - Карелии (Балтийский щит) и Украины (Азово-Подольский, или Украинский щит). Поскольку основание платформы является сглаженной эрозией горно-складчатой страной, то и структурные элементы, слагающие его, представлены соответственно антиклинориями и синклинориями.
Так, в пределах Балтийского щита выделены Беломорский и Центральнокарельский антиклинории, Восточно-Карельский и Западно-Карельский синклинории; на Азово-Подольском щите - Криворожско-Кременчугский, Бузулукский, Орехово-Павлоградский, Конский синклинории. Эти структуры выражены в рельефе невысокими грядами и увалами.
Большую роль в строении фундамента Восточно-Европейской платформы играют разломы. Во-первых, как уже отмечалось, они являются естественными границами геоблоков фундамента, отличающихся различным временем консолидации. Во-вторых, разломы расчленяют геоблоки фундамента на более мелкие блоки, обусловливая тем самым общее мозаичное строение фундамента, его блоковый структурно-тектонический рисунок. Большинство разломов ориентированы в диагональном направлении, что предопределило конфигурацию и ориентировку в пространстве геоблоков и более мелких по масштабам блоков основания.